Aðhalds hefur verið gætt í rekstri stofnunarinnar frá hruni og hefur afkoma hvers árs verið innan 4% vikmarka fjármála- og efnahagsráðuneytisins öll árin. Síðustu 3 árin hefur staða stofnunarinnar um áramót vikið um 1% (plús eða mínus) frá samþykktum rekstraráætlunum. Það er því ekki fótur fyrir því að setja Náttúrufræðistofnun í hóp með stofnunum sem fara fram úr fjárhagsáætlunum sínum og eiga við umtalsverðan greiðsluhalla að etja eins og gert er í skýrslu Ríkisendurskoðunar.