Í fyrri samningnum, almennum rammasamningi, er fjallað um að verkefni Náttúrufræðistofnunar og rannsóknir og kennsla Háskólans tengjast á margan hátt. Samstarfsaðilarnir hafa sameiginlega hagsmuni af því að efla rannsóknir á náttúru landsins, að rannsóknastarfið sé af þeim gæðum sem best gerist, efla menntun í viðkomandi greinum vísinda, auka kynningu á íslenskum umhverfismálum, samnýta sem best aðstöðu og færni sem til er á hvorum stað og sameinast um uppbyggingu eftir því sem við á.
Til þess að ná ofangreindum markmiðum munu samningsaðilar eiga samstarf um eftirfarandi:
Að efla kennslu á háskólastigi á sviði náttúruvísinda.
Að vekja áhuga nemenda á fræðasviðum og rannsóknum Náttúrufræðistofnunar.
Að stuðla að því að á Náttúrufræðistofnun starfi sérfræðingar með hæfni til kennslu á háskólastigi, sem sinni kennslu við Háskólann auk rannsóknastarfa á vegum Náttúrufræðistofnunar. Sérfræðingar Náttúrufræðistofnunar, með vinnuskyldu við Háskólann, hafi aðgang að framgangskerfi og rannsóknasjóðum HA.
Að gera sérstaka samninga um kennslu og þjálfun nemenda eftir því sem tilefni gefst til.
Að leggja áherslu á verkefni sem fela í sér uppbyggingu nýrrar færni, sem vænta má að gagnist við rannsóknir á íslenskri náttúru en hafa jafnframt vísindalegt gildi og tengjast eðlilegu starfi háskóla og/eða Náttúrufræðistofnunar.
Að semja um samnýtingu á rannsóknatækjum og aðstöðu.
Markmið síðari samningsins er svo öllu sértækara. Það er að efla formlegt samstarf milli Náttúrufræðistofnunar og Háskólans á Akureyri á sviði sameindaerfðafræði og er samstarfið fólgið í að reka sameiginlega rannsóknastofu í sameindaerfðafræði. Einnig deila samningsaðilar með sér sérfræðingi sem er umsjónarmaður rannsóknastofunnar.